Rafael Guízar Valencia nació en Cotija, estado de Michoacán y diócesis de Zamora, México, el 26 de abril de 1878.
Sus padres, Prudencio y Natividad, fervientes cristianos, dieron a sus 11 hijos una esmerada educación religiosa.
Hacia el sacerdocio. Su primer apostolado
Huérfano de madre a los nueve años, Rafael hizo sus primeros estudios en la escuela parroquial y en un colegio regentado por los padres jesuitas. Maduró durante esos años su vocación al sacerdocio y decidió seguir la llamada de Dios. En 1891 ingresó en el seminario menor de Cotija y en 1896 pasó al seminario mayor de Zamora. El primero de junio de 1901, a la edad de 23 años, fue ordenado sacerdote.
En los primeros años de ministerio sacerdotal, se dedicó con gran celo a dar misiones en la ciudad de Zamora y por diferentes regiones de México. Nombrado en 1905 misionero apostólico y director espiritual del seminario de Zamora, trabajó incansablemente para formar a los alumnos en el amor de la Eucaristía y la devoción tierna y filial a la Virgen.
Perseguido por la fe
En 1911, para contrarrestar la campaña persecutoria contra la Iglesia, fundó en la ciudad de México un periódico religioso, que fue pronto cerrado por los revolucionarios. Perseguido a muerte, vivió durante varios años sin domicilio fijo, pasando toda especie de privaciones y peligros. Para poder ejercer su ministerio, se disfrazaba de vendedor de baratijas, de músico, de médico homeópata. Podía así acercarse a los enfermos, consolarlos, administrarles los sacramentos y asistir a los moribundos.