Fue el segundo de los dos hijos de Karol Wojtyła y de Emilia Kaczorowska, que murió en 1929. Su hermano mayor Edmund, de profesión médico, murió en 1932 y su padre, suboficial del ejército, en 1941.
A los nueve años recibió la Primera Comunión y a los dieciocho el sacramento de la Confirmación. Terminados los estudios en la escuela media de Wadowice, en 1938 se matriculó en la Universidad Jagellónica de Cracovia.
Cuando las fuerzas de la ocupación nazi cerraron la Universidad en 1939, el joven Karol trabajó (1940-1944) en una cantera y en una fábrica química de Solvay para poder mantenerse y evitar la deportación a Alemania.